Le nom de Clessé est apparu en 1275 ...

A cette époque, la commune dépendait de l’archiprêtré de Parthenay, de la Sénéchaussée et de l’élection de Poitiers. Au 14ème siècle, le fief de Clessé s’étendait sur une partie de la paroisse de Neuvy. Il relevait de la châtellerie d’Airvault et du Vicomté de Thouars et dépendit, à partir de 1650, des Mothes.

Quatre siècles plus tard, le climat révolutionnaire va donner lieu à un épisode resté dans l'histoire de la commune. En 1792, des insurrections éclatent à Moncoutant et Chatillon-sur-Sèvre. Profitant sans doute du grand désordre ambiant, des Royalistes des paroisses voisines de Clessé en profitent pour investir la mairie. Ils brûlent alors les papiers de la municipalité et s'emparent d'une partie des fonds publics.

Quleques années plus tard, en 1799, la commune subit à nouveau l'assaut d'une bande organisée. Des insurgés, terrés dans les bois de Villegué, pénetrent ainsi dans plusieurs métairies de la commune. Sous la menace, ils se font servir à manger et rançonnent les cultivateurs.

Avant la Révolution, Clessé a attiré de nombreux pélerins. Ils se donnaient rendez-vous le 31 octobre, jour de la Saint Hilaire. Avec croix et bannières et venant de dix-sept paroisses, ils célebraient ce saint protecteur des récoltes qu'on invoque également contre la grêle. La statue de St Hilaire, toujours dans le chœur de l’église, était alors l'objet de toutes les attentions. Cette tradition a été interrompue au moment de la révolution et a repris quelques temps plus tard, lorsque le pays retrouva son calme, avec une dizaine de paroisses. Mais ce rassemblement donnant lieu au début du 19e siècle à des manifestations d’ordre politique, le pèlerinage fut interdit, en 1834, par l’autorité préfectorale.